Depuis plusieurs années, l'ASEPT collabore sur de nombreux projets de recherche autour des thématiques suivantes :

- Les risques respiratoires

- Le sport et les activités physiques et la santé

- Les risques psychosociaux  :

• Stress et burn-out en agriculture
• Epuisement professionnel des entrepreneurs de travaux forestiers
• Conditions de suicide des professionnels agricoles

- La santé en agriculture :

• Echinococcose alvéolaire
• Maux de la terre

- L'organisation, l'accès aux soins en milieu rural

• Place des hôpitaux locaux dans la prise en charge des personnes âgées 
• Accès aux soins primaires en milieu rural